Die Entstehung des christkatholischen Hilfswerkes geht auf einen Beschluss der 87. Session der Nationalsynode 1961 in Zürich zurück. Pfr. Arnold Moll, Basel, referierte damals zum Thema "Mission als Auftrag der Kirche". Die Nationalsynode beschloss: "Die Synode der Christkatholischen Kirche der Schweiz empfiehlt den Kirchgemeinden, ihre Aufmerksamkeit der Heidenmission zuzuwenden und das Kirchenopfer des Dreifaltigkeitssonntags dem Synodalrat dafür zur Verfügung zu stellen."
Nach intensiven Vorarbeiten nahm die Nationalsynode 1972 in Rheinfelden das Statut der "Zentralstelle für Mission, Entwicklungs- und Katastrophenhilfe" an. Dieses regelte die Beschaffung und die Verwendung der finanziellen Mittel wie auch die Rechenschaftsablage. 1973 legte Pfr. Franz Murbach, der erste Präsident des Hilfswerks, seinen ersten Tätigkeits-bericht vor: "Der Beschluss des Synodalrates, neben seinem offiziellen Beitrag von Fr. 5'000 sämtliche Kommissionsspesen (Verwaltung, Sitzungen und Informationskosten) zu übernehmen, erleichtert nicht nur unsere Arbeit, insbesondere die Abrechnung, sondern gibt den Kirchgemeinden, Pfarrämtern und allen Einzelspendern die ausdrückliche Gewähr, dass alle uns überwiesenen Gelder ohne jeglichen Abzug an den Bestimmungsort (Missionsstation, Entwicklungsprojekt, Katastrophenhilfe) weitergeleitet werden." Dieser Synodalratsbeschluss hat das Vertrauen in das christkatholische Hilfswerk gestärkt und es zur heutigen Grösse wachsen lassen.
Anfangs der 1990er Jahre kam es zur ökumenischen Öffnung des Werks und zur Zusammenarbeit in der Fastenkampagne mit den Hilfswerken der beiden Schwesterkirchen, Fastenopfer (heute HEKS) und Brot für alle. Dabei wurde auch die offizielle Sammlungszeit für das Hilfswerk im ganzen Bistum in die Fastenzeit gelegt. Praktisch gleichzeitig kam es zum Namenswechsel des Hilfswerks; dieses hiess nun offiziell "Partner sein, Hilfswerk der christkatholischen Kirche der Schweiz". Als neues Logo wurde ein durch das Kreuz geteilter Fisch auf einem runden Teller gewählt in den Farben blau und türkis.
1998 kam es zu einer weiteren Ausdehnung der Zusammenarbeit, diesmal mit den verschiedenen Hilfswerken der altkatholischen Kirchen in Europa. Damit sollten die gemeinsamen Kräfte gebündelt und vereint Hilfe geleistet werden. Seit 2004 heisst die Vereinigung offiziell "Internationale Altkatholische Diakonie und Mission". Es gehören ihr Hilfswerke an aus den Niederlanden, Deutschland, Österreich und der Schweiz sowie Beauftragte der altkatholischen Kirchen von Tschechien, Kroatien, Polen und Frankreich.
Ende 1998 trat Pfarrer Franz Murbach, in den Kreisen der Nationalsynode inzwischen als "Katastrophenfranz" bekannt, von der Hilfswerksarbeit zurück. Dem neuen Präsidenten wurde mit Pfr. Christoph Schuler ein Projektleiter zur Seite gestellt, der die Verantwortung für die Projektarbeit übernahm. In der Folge wurden auch die Statuten neu formuliert. Insbesondere wurde das Tätigkeitsgebiet mit "Mission, Entwicklungszusammenarbeit und Katastrophenhilfe" festgeschrieben sowie der Grundsatz beschlossen, dass die Christkatholische Kirche der Schweiz zu Lasten ihrer Jahresrechnung Beiträge an die ökumenische Zusammenarbeit, an die Entwicklungszusammenarbeit und an die Verwaltungskosten leistet. Bestätigt wurde auch der Beschluss, dass das Hilfswerk eine "unselbständige Anstalt der christkatholischen Kirche der Schweiz" blieb und nicht in eine eigene Stiftung mit mehr Autonomie umgewandelt wurde.
In den Jahren 2014 und 2015 kam es zu einer Erneuerung der Kommission von Partner sein; die Arbeit wurde auf mehr Schultern verteilt und wird mit einem 10%-Pensum durch eine Geschäftsstelle unterstützt.
Sowohl auf nationaler wie auf internationaler Ebene ist Partner sein das grösste Hilfswerk der altkatholischen Kirchen. Es unterstützt jährlich gegen 30 Projekte in Afrika und Asien mit einer Summe von über 200'000 Franken. Mehr als 95% der Spendeneinnahmen gehen direkt an die unterstützten Projekte weiter. Als regelmässige Partner können auf der Einnahmenseite nicht nur die anglikanischen Gemeinden der Schweiz genannt werden, sondern auch Solidarität Dritte Welt SDW und die Weltgebetstagskollekte, welche der Verband Christkatholischer Frauen der Schweiz VCF erhält und dem Hilfswerk anvertraut. Sehr dankbar ist Partner sein auch für Legate und Zuwendungen ausserhalb der Fastensammlung.